اصلاح و به‌نژادی دام

اصلاح و به‌نژادی دام

شناسایی مقایسه ای واریانت های آللی ژن BOLA در گاوهای هلشتاین آبستن و غیر آبستن با استفاده از داده‌های توالی یابی نسل بعدی

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان
1 گروه علوم دامی،دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
2 گروه علوم دامی ،دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، مازندران
3 پژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی
10.22034/bilj.2024.452093.1053
چکیده
هدف از پژوهش حاضر مطالعه، ردیابی و مقایسه نشانگرهای مولکولی ژن BOLA در گاوهای هلشتاین آبستن و غیرآبستن بود. حیوانات مورد آزمایش شامل گاوهای هلشتاین فریزین و فاقد هر گونه بیماری های کلینیکی و یا سابقه مشکلات تولید مثلی بودند. تعداد نمونه های مورد مطالعه شامل 8 گاو آبستن شده و 11 گاو آبستن نشده بود. داده های پژوهش حاضر حاصل توالی یابی RNA بودند. خوانش ها پس از کنترل کیفیت، در برابر ژنوم مرجع همردیفی و مکان یابی شده و از نرم افزار های دو مجموعه نرم افزاری Picardtools و GATK به منظور شناسایی واریانت های مدنظر استفاده شد. شبکه کنش متقابل ژن مورد نظر در سطح پروتئین با استفاده از پایگاه داده STRING ترسیم گردید. نتایج نشان داد که در ژن BOLA در گاو غیر آبستن در مقایسه با گاو آبستن 4 رونوشت متفاوت و در مجموع تعداد 15 SNP وجود دارد که این چندشکلی ها در ژن BOLA و ناحیه تنظیمی بالادستی آن که محل اتصال microRNA bta-mir-11979 است و اختصاصاً فقط در گاوهایی که آبستن نشده اند مشاهده شد. در بین جهش‌های مشاهده، یک جهش در موقعیت 28723238 جفت بازی منجر به جایگزینی نوکلئوتید آدنین با سیتوزین و ایجاد کدن خاتمه در پروتئین ژن BOLA گردید. واریانت حذف/الحاق در ژن مورد نظر مشاهده نشد. با توجه به جهش های بدمعنی و خاتمه مشاهده شده در ژن BOLA که احتمالا منجر به تغییرات اساسی در ساختار آن می گردد، از جهش های شناسایی شده در این پژوهش می‌توان برای انتخاب در برنامه های اصلاح نژاد استفاده نمود.
کلیدواژه‌ها