اصلاح و به‌نژادی دام

اصلاح و به‌نژادی دام

فراتحلیل مناطق ژنومی تحت انتخاب مثبت در جمعیت اسب‌های ترکمن و تروبرد

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان
1 دانش آموخته دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد، گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران. کرج. ایران.
2 دانشیار گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران. کرج. ایران.
10.22034/bilj.2024.473969.1059
چکیده
از آنجایی که روش‌های تشخیص انتخاب مثبت از نظر مفروضات و اجرا متفاوت است، همبستگی ضعیفی بین آنها انتظار می‌رود. با این حال، اگر سیگنال مشخصی وجود داشته باشد که به طور مداوم در روش‌شناسی‌های مختلف پشتیبانی شود، شواهد محکمی است که نشان می‌دهد جایگاه مورد مطالعه تحت انتخاب بوده است. هدف از انجام این پژوهش افزایش قدرت تشخیص نتایج دقیق‌تر و بررسی سازگاری یا ناهمگونی این ارتباط‌ها در مجموعه روش‌های متنوع و جمعیت‌های مورد مطالعه به وسیله‌ی فراتحلیل مطالعات ارتباطی در سطح ژنوم می‌باشد. این مطالعه بر اساس اطلاعات دام‌های تعیین ژنوتایپ شده با تراشه‌های چند‌شکلی تک نوکئوتیدی (SNP chips, 60k) روی دو نژاد تروبرد و ترکمن بترتیب با تعداد 44 و 67 انجام ‌شد. برای اطمینان از کیفیت داده‌های ژنومی مورد استفاده، آنالیزهای کنترل کیفیت با یکسری فیلترها شاملMAF ،SNP-CR ، Animal-CR و آزمون HWE به وسیله‌ی نرم افزار Plink انجام شد. سپس کاوش ژنومی نشانه‌های انتخاب با روش‌های FST‌، EHH‌ ،XP-EHH، hapFLK انجام شد. در انتها از آنالیز فراتحلیل به منظور ترکیب نتایج روش‌های مختلف شناسایی نشانه‌های انتخاب استفاده شد. با توجه به یافته‌های این تحقیق و تجزیه و تحلیل ژن‌های مشروح در مناطق تحت فشار انتخاب، نتیجه می‌گیریم که فراتحلیل نتایج روش‌های مختلف شناسایی نشانه‌های انتخاب، امکان افزایش صحت و دقت شناسایی مناطق تحت انتخاب را می‌دهد، همچنین ژن‌هایETV1 ، ADPGK، XIAP، NKAP، CHRNA3، NMI، ETV1 در مناطق تحت انتخاب مثبت بدست آمده با روش فراتحلیل شناسایی شدند که عمدتاً در رشد و تامین انرژی، متابولیسم، عملکرد سیستم عصبی و عضلانی، همچنین باروری نقش دارند.
کلیدواژه‌ها