هدف از پژوهش حاضر بررسی بیوانفورماتیکی ژن‌های CAPN2 و CAPN3 در جمعیت‏هایی از‏ بلدرچین ژاپنی(N=9)، بررسی میزان تنوع ژنتیکی در این جمعیت‎ها و ترسیم رابطه تبارزایی آن‎ها با برخی گونه‌های دیگر بود. بدین منظور توالی‎های نوکلئوتیدی ژن‌های CAPN2 و CAPN3 بلدرچین ژاپنی به همراه توالی‏های نوکلئوتیدی مشابه با توالی این دو ژن از برخی گونه‌های دیگر (N=62) از بانک جهانی ژن (NCBI) استخراج شدند و از نرم‌افزارهای DnaSP و MEGA برای تحلیل این توالی‌ها استفاده شد. نتایج نشان داد که در بلدرچین ژاپنی چند شکلی ژن CAPN2 بیشتر از ژن CAPN3 بوده و در نتیجه مناطق حفاظت‎شده در ژن CAPN3 در مقایسه با ژن CAPN2 بیشتر بود. مقدار عددی نسبت dN/dS برای بلدرچین ژاپنی در ژن CAPN3 (94/0) و در ژن CAPN2 68/0 برآورد شد که به ترتیب نشان دهنده انتخاب خنثی و انتخاب خالص بر روی این دو ژن‎ در طول تکامل می‏باشند. بنابراین، نتایج به دست آمده از این تحقیق می‌تواند در ردیابی مناطق ژنگانی CAPN2 و CAPN3 مرتبط با صفات فنوتیپی متمایزکننده‌ی گونه‌های مورد بررسی کار رود. نتایج آنالیز تبارزایی نشان داد که ژن‌های مورد بررسی در مسیر تکاملی، بسته به گونه‏ی مورد بررسی، پاسخ‌های تکاملی متفاوتی را از خود نشان داده‎اند که نشان دهنده پیچیدگی پاسخ این دو ژن به فرایند تکامل است؛ گرچه این دو ژن از نظر هستی‏شناسی ژنی و حاشیه‏نویسی متابولیکی در یک گروه و خانواده قرار می‌گیرند.