واکاوی فیلوژنی ژن نوروپپتید VF در برخی از گونه‌های پستانداران و پرندگان

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 عضو هیات علمی بخش علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز

2 دانشجوی کارشناسی ارشد بخش علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز

3 بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران

چکیده

 در این پژوهش، روند تکامل ژن نوروپپتیدVF در گوسفند، آنالیز فیلوژنی و روند انتخاب طبیعی در طی تکامل این ژن بررسی شد. توالی ژنی VF در گوسفند و سایر گونه‌ها (گاومیش آمریکایی، زبو، گاو اهلی، گاو وحشی هیمالیایی، بوفالو آبی، بز، میمون رزوس، گراز، سگ اهلی، خوک وحشی، اسب، فنچ راه راه، رت، شتر، آلپاکا و مرغ جنگلی سرخ) هم‌تراز شدند. درصد جانشینی و جایگزینی نوکلئوتیدها بر اساس جستجو در بانک اطلاعاتی NCBI  با روش حداکثر درست‌نمایی انجام و ترسیم درخت فیلوژنتیک و تعیین روند انتخاب طبیعی حاصل از مطالعات بیوانفورماتیک تعیین شد. درصد جانشینی بازهای پیریمیدینی بیشتر از بازهای پورینی بود، هم‌چنین نسبت dN/dS نیز محاسبه شد که نشان دهنده‌ی ‌انتخاب مثبت در طی تکامل این ژن‌ است. این نوع dN/dS پورینی بود. درخت فیلوژنتیک برای ژن مذکور در موجودات مختلف نشان می‌دهد که پروتئین VF در موجودات مختلف بر اساس مسیر تکاملی خود به دو شاخه مجزا تقسیم می‌شود، که در یک دسته در موجودات مورد مطالعه با درصد شباهت بیشتر قرار گرفته است.

کلیدواژه‌ها