رشد جنینی زنبورعسل نتیجه یک توالی دقیق کنترل‌شده از رویدادهاست که توسط سیگنال‌های محیطی و درون سلولی تعدیل شده‌اند؛ با این حال، استراتژی‌های رشد زنبورهای عسل در طول جنین‌زایی اولیه ناشناخته است. در پژوهش حاضر با هدف مطالعه پروفایل بیان ژن و تعیین ژن‌های شاخص با بیان متفاوت و معنی‎دار در هر یک از دو گروه و بین دو گروه جنین زنبورعسل نر و ماده در سه زیرگروه ساعات پس از تخم‌گذاری (10الی15ساعت (زیرگروه1)، 25الی40ساعت (زیرگروه2) و 55الی70ساعت (زیرگروه3)) پس از اخذ و ذخیره داده‌های خام، مراحل آنالیز به ترتیب با استفاده از نرم‌افزارهای Fastq-dump، FastQC و Trimmomatic، Hisat2، Samtools و Cufflinks انجام شده و در نهایت آنالیز هستی‌شناسی به وسیله پایگاه‌های اطلاعاتی DAVID و Ensemble صورت گرفت. طبق نتایج پروفایل بیان ژن، 17786 شناسه ژن مشخص شد، که در نهایت جهت مقایسه در هر یک از دو گروه با در نظر گرفتن log2(fold_change)>+10 و log2(fold_change)<-10، در گروه ماده‌ها بین زیرگروه‌های1و2، شش ژن، زیرگروه‌های 1و3، 23 ژن و زیرگروه‌های 2و3، 12 ژن شاخص و در گروه نرها بین زیرگروه‌های 1و2، دو ژن، زیرگروه‌های 1و3، 25 ژن و زیرگروه‌های 2و3، شش ژن شاخص با بیان متفاوت و معنی‌دار شناسایی شد و در مقایسه بین دو گروه با در نظر گرفتن log2(fold_change)>+4 و log2(fold_change)<-4، در زیرگروه‌های 1، 2 و 3 به ترتیب، چهار، 26 و یک ژن شاخص با بیان متفاوت و معنی‌دار شناسایی شد (q_value<0.05). نتایج هستی‌شناسی ژن‌های شاخص نشان داد که در متابولیسم اسیدآمینه و کربوهیدرات، بیوسنتز هورمون حشرات، ساختاری کوتیکول و اتصال یون‌های کلسیم، روی و آهن نقش دارند.