انتخاب ژنومی می‌تواند به برآورد دقیق‌تر ارزش‌های اصلاحی، پیشرفت ژنتیکی حاصل از انتخاب دقیق‌تر و بهتر افراد و همچنین کنترل همخونی در حیوانات کمک کند. با شبیه‌سازی کامپیوتری ژنوم و فرآیندها می‌توان پیش‌بینی‌های لازم را قبل از اجرای فرآیندهای پرهزینه ژنومی، اجرا کرد. موفقیت هر برنامه اصلاحی بستگی زیادی به چگونگی ایجاد جمعیت پایه دارد؛ چراکه تمام تنوع ژنتیکی صفاتی که در هدف اصلاحی گنجانده می‌شوند، بایستی در جمعیت پایه ایجاد گردد. طراحی یک برنامه با هدف ایجاد جمعیت پایه‌ای در عدم تعادل پیوستگی به‌وسیله شبیه‌سازی آمیزش تصادفی بین جوامع زنبورها، در فرآیندهای اصلاح نژادی با درنظرگیری خصوصیات ژنتیکی و رفتار تولیدمثلی ویژه زنبور عسل، اهمیت دارد. در تحقیق حاضر با شبیه‌سازی عوامل مختلف جمعیتی و ژنومی با استفاده از نرم‌افزار MATLAB، معماری ژنتیکی زنبورعسل ایجاد گردید و ضمن بررسی تأثیر اندازه مؤثر جمعیت با نرم افزار NeEstimator در چهار سطح حداقل فراوانی آللی و در نسلی که دارای حداکثرعدم تعادل پیوستگی است، اثر تعداد ملکه‌ها و نرها در نسل‌های تاریخی مطالعه شد و معین گردید که با افزایش ملکه‌ها و تعداد نرها در نسلهای تاریخی، زمان رسیدن و نسلی که در آن حداکثر عدم تعادل پیوستگی رخ می‌دهد نیز افزایش می‌یابد و بالعکس با افزایش نرخ جهش، زمان رسیدن به حداکثر عدم تعادل پیوستگی کاهش می‌یابد. افزایش تعداد نشانگرها در جمعیت‌هایی با تعداد افراد کمتر در نسلهای تاریخی سبب کاهش زمان در رسیدن به حداکثر عدم تعادل پیوستگی شد. الگوی عدم تعادل پیوستگی در ژنوم نشانه‌ای قدرتمند از فرآیندهای ژنتیکی جمعیت است که آن را شکل می‌دهند.