آگاهی از ساختار و نحوه عملکرد ژن‌ها در گاو می‌تواند ما را در تغییر صفات مطلوب شیر کمک نماید. در این تحقیق واریانت‌های ژنتیکی اگزون سوم ژن MAP4K4 و رابطه آن با صفات کیفی شیر در گاوهای سیستانی، هلشتاین و آمیخته‌های سیستانی×سیمنتال مورد مطالعه قرار گرفت. نمونه‌های خون از ورید گردنی و شیر در طی یک دوره سه ماهه از 27 رأس گاو (سیستانی 10 رأس، هلشتاین 10 رأس و آمیخته‌های سیستانی×سیمنتال 7 رأس) جمع‌آوری و ترکیبات شیر شامل درصد چربی، پروتئین، لاکتوز و ماده خشک بدون چربی اندازه‌گیری شدند. استخراج DNA به روش نمکی-بهینه‌یافته انجام شد. قطعه 457 جفت بازی از اگزون سوم جایگاه ژن MAP4K4 با یک جفت پرایمر اختصاصی تکثیر و با استفاده از روش سانگر توالی‌یابی شدند. برای شناسایی نواحی چندشکلی و محاسبه ساختارهای ژنتیکی جوامع، از نرم‌افزارهای MEGA11 و Dnasp5 استفاده شد و در نهایت ارتباط نواحی چندشکلی با صفات کیفی شیر از مدل‌ تابعیت چندگانه و رویه GLM نرم‌افزارSAS نسخه 4/9 استفاده گردید. نتایج تعداد هفت ناحیه چندشکلی در موقعیت‌های 13، 20، 21، 23، 133، 158 و 218 نشان دادند. در میان این جایگاه چندشکلی، چهار مورد دو واریانتی منحصربفرد و سه جایگاه دو واریانتی پارسیمونی بودند. توالی‌های نوکلئوتیدی جایگاه ژن MAP4K4 بر اساس کدهای ژنتیکی به توالی آمینواسیدی ترجمه شدند که منجر به تشکیل 125 آمینواسید گردید. در بین 125 آمینواسیدی، چهار ناحیه چندشکلی SNP و دو ناحیه حذف و اضافه (Indel) مشخص گردید. در تمام جمعیت‌ها به جز گاوهای هلشتاین، جایگزینی انتقالی بیش از تقاطعی بود.