بررسی تنوع ژنتیکی شترهای بومی شمال استان کرمان با استفاده از آماره های F

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 استاد،گروه اصلاح نژاد دام، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران

2 فارغ التحصیل کارشناسی ارشد، گروه اصلاح نژاد دام، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران

3 دانشجوی دکتری، گروه اصلاح نژاد دام، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران

چکیده

تنوع زیستی یکی از عوامل مهم برای اصلاح ­گران حیوانات اهلی جهت حفظ این ذخایر ژنتیکی محسوب می­ شود. استفاده از نشانگرهای مولکولی در سال­ های اخیر جهت تعیین تنوع ژنتیکی بین جمعیت­ ها کاربرد گسترده ­ای یافته است. در این تحقیق به بررسی تنوع ژنتیکی با استفاده از آماره­ های F در جمعیت شترهای یک کوهانه شمال استان کرمان، با استفاده از 8 جفت نشانگر ریزماهواره ­ای اتوزومی (YWLL08، VOLP03، VOLP08، YWLL38، CVR01، YWLL44،  VOLP32و VOLP67) پرداخته شد. از سه شهرستان شهربابک، رفسنجان و راور تعداد 81 نمونه خون جمع­ آوری گردید. کل DNA نمونه ­ها با استفاده از روش نمکی بهینه شده استخراج و برای تعیین ژنوتیپ به ­کار گرفته شد. نتایج نشان داد که جایگاه YWLL08 با 21 آلل و جایگاه VOLP32 با 4 آلل به ترتیب بیشترین و کمترین تعداد آلل واقعی و نیز این جایگاه­ ها با 9/14 و 11/3 آلل به ترتیب بیشترین و کمترین تعداد آلل مؤثر را نشان دادند. مقادیر شاخص تثبیت (FST) برای نشانگرهای YWLL08، VOLP03، VOLP08،YWLL38 ، CVR01، YWLL44،  VOLP32و VOLP67 به ترتیب 036/0، 088/0، 080/0، 045/0، 054/0، 069/0، 014/0 و 060/0 بدست آمد که نشان دهنده تمایز پایین بین جمعیت­ ها می­ باشد. بیشترین تعداد مهاجرت در جمعیت (NM)، بین جمعیت­ های شهربابک و رفسنجان 2 (83/15) و کمترین آن بین جمعیت­ های شمشیرآباد و صحرای جهاد (49/6)، می­ باشد. در مجموع می­ توان نتیجه گرفت که جمعیت­ شترهای یک کوهانه شمال استان کرمان از تنوع ژنتیکی قابل قبولی برخوردار هستند. هم­چنین نشانگرهای ریزماهواره مورد مطالعه در این جمعیت­ ها نیز از چند شکلی نسبتا بالایی برخوردار بوده و از آنها می­ توان در مطالعات ژنتیکی استفاده نمود.

کلیدواژه‌ها


Akey, J. M. (2009). Constructing genomic maps of positive selection in humans: Where do we go from here? Genome Research. 19: 711-722.
Amin Afshar, M. (2008). Phylogenetic study of buffalo using microsatellite markers. PhD Thesis, Islamic Azad University, Tehran Branch, Tehran, Iran, 140 pages.
Banerjee, P., Joshi, J., Sharma, U., Kumar, R. and Vijh, R. K. 2012. Population differentiation in dromedarian camel: A comparative study of camel inhabiting extremes of geographical distribution international. Journal of Animal and Veterinary Advances. 4: 84-92.
Barker, J. S. F. (1994). A global protocol for determining genetic distances among domestic livestock breeds. Proceedings of the 5th world congress on genetics applied to livestock production. 501-508 PP. University of Guelph, Canada.
Basiry, A., Zakizade, S., Vakili, R. and Montazertorbati, M. B. (2013). Genetic diversity of the camel’s population in Khurasan province using microsatellite marker. Iranian Journal of Biotechnology. 6: 336-340.
FAO. (2007). The state of the world’s animal genetic resources for food and agriculture. FAO. Rome.
Frankham, R. (2008). Genetic adaptation to captivity in conservation programs. Molecular Ecology, 17: 325-333.
Fumagalli, L., Snoj, A., Jesensek, D., Balloux, F., Jug, T., Duron, O., Brossier, F., Crivelli A. J. and Berrebi., P. (2002). Extreme genetic differentiation among the remnant populations of marble trout (Salmo marmoratus) in Slovenia. Molecular Ecology. 11: 2711-2716.
Glasko, V. 2003. An attempt at understanding the genetic basis of domestication. Animal Science. 2: 109-120.
Hart, D.L. and Clark, A.G. (1989). Principles of population genetics. 2nd ed. Sinauer Associates, Sunderland.
Hedayat Ayurq, n. And Maghsoudi S.M. (2014). The importance of camel breeding in warm regions of Iran and strategies to improve production. Proceedings of the National Conference on Camel Breeding in Iran, Gonbad Kavous, Iran, pp. 114-110.
Jack, E. S. and Felix, C. S. (1996). Genetic marker map construction and their application in plant breeding. Horticulture Science. 31: 729-742.
Jianlin, H., Ochieng, J. W., Lkhagva, B. and Hanotte, O. (2004). Genetic diversity and relationship of domestic Bactrian camels (Camelus bactrianus) in China and Mongolia. Journal of Camel Practice and Research. 11: 97-99.
Lang, K. D. M., Wang Y. and Plante. Y. )1996(. Fifteen polymorphic dinucleotide microsatellites in llamas and alpacas. Animal Genetics. 27: 285-294.
Li, J., Wang, G. and Bai. Z. (2009). Genetic variability in four wild and two farmed stocks of the Chinese freshwater pearl mussel (Hyriopsis cumingii) estimated by microsatellite DNA markers. Aquaculture. 287: 286-291.
Mallet, J. 2001. Gene flow. 337-360 pp., University College London Press, England.
Miller, S. A., Dykes D. D. and Polesky, H. F. (1988). A simple sating out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucleic Acids Research. 16: 12-15.
Montazeri, M., & Masoudi, A., & Vaez Torshizi, R., & Allahyar Khan Khorasani, D. (2014). Assignment Of Individuals To The Iranian Native Dog Populations Using Microsatellite Markers. Journal Of Agricultural Biotechnology, 6(2), 177-188.
Nei, M. (1972). Genetic distance between populations. American Naturalist. 106: 283-292.
Nobari, K., Hassani, S. and Azeri irony, m. (2014). The importance of camel breeding in warm regions of Iran and strategies to improve production. Proceedings of the National Conference on Camel Breeding in Iran, Gonbad Kavous, Iran, pp. 119-115.
Obreque, V., Coogle, L., Henney, P. J., Bailey, E., Mancilla, R., Garcia-Huidobro, J., Hinrichsen, P. and Cothran. E. G. (1998). Characterization of 10 polymorphic alpaca dinucleotide microsatellites. Animal Genetics. 29: 460-467.
Peakall, R. and Smouse, P. E. (2006). GeneAlex version 6.1: Genetic analysis in excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes. 6: 288-295.
Pinera, J. A., Blanco, G., Vázquez, E., and Sánchez. J. A. (2007). Genetic diversity of black spot seabream (Pagellus bogaraveo) populations Spanish Coasts: a preliminary study. Marine Biology. 1151: 2153-2158.
Sasse, J., Mariasegaram, M., Jahabar, M. K., Pullenayegum, R., Kinne B. R. and Werney, U. (2000). Development of a microsatellite parentage and identity verification test for dromedary racing camels. Presented at the 27th International Conference on Animal Genetics, Minneapolis, USA.
Schulz, U., Tupac-Yupanqui, I., Martínez, A., Méndez, S., Vicente Delgado, J., Gómez, M., Dunner, S. and Cañón. J. (2010). The Canarian camel: a traditional dromedary population. Diversity. 2: 561-571.
Shahkarami, S., & Afraz, F., & Sayed Mirhosini, Z., & Banabazi, M., & Asadzadeh, N., & Asadi, N., & Hemmati, B., & Ghanbari, A., & Razavi, K. (2012). Genetic Diversity In Iranian Bactrian Camels (Camelus Batrianus) Using, Microsatellite Markers. Modern Genetics Journal (Mgj), 7(3 (30)), 249-258.
Slatkin, M. and Barton, N. H. (1989). A comparison of three indirect methods for estimating average levels of gene flow. Evolution. 43: 1349-1368.
Vijh, R. K., Tantia, M. S.,  Mishra B. and Bharani Kumar, S. T. (2007). Genetic diversity and differntiation of dromedarian camel of India. Animal Biotechnology. 18: 81–90.
Wayne, R. K. and Morin, P. A. (2004). Conservation genetics in the new molecular age. Ecological Society of America. 2: 89-97.
Weir, B. S. and Cockerham, C.C. (1984). Estimating F-statistic for the analysis of population structure. Evolution. 38: 1358-1370.
Wright, S. (1978). Evolution and the genetics of populations. Variability within and among natural populations. University of Chicago Press, Chicago, 93 pp.
Yeh, F. C., Yang, R. and Boyle, T. (1999)., PopGene: Version 1.31. Microsoft window- based freeware for population genetic analysis. University of Alberta, Edmonton, Canada.