@article { author = {Javanmard, Arash and HasanPoor, Karim and Ekhtiyari, Mohammad Soleiman and Sadr, Ayeh Sadat and Roudbari, Zahra and Motie Noparvar, Pouya and Ghafouri, Farzad}, title = {A novel overview of microarray technology; theoretical foundations, raw data structure, statistical analysis and interpretation of outputs}, journal = {Breeding and Improvement of Livestock}, volume = {2}, number = {3}, pages = {5-30}, year = {2022}, publisher = {Agricultural Sciences and Natural Resources University of Khuzestan}, issn = {2645-534X}, eissn = {2645-5358}, doi = {10.22034/bilj.2022.351401.1024}, abstract = {Achieving technologies that can depict the behaviors of genes at the transcriptome level and the interaction between them is particularly beneficial. In this regard, the microarray technology is based on the previous discoveries of qPCR and hybridization blotting technology, which uses the same rules but on a larger scale to measure the expression of several thousand genes. In fact, it is a method based on hybridization in combination with nanotechnology and the use of labeled fluorescent dyes. This technology is based on a chip and a glass plate, where special identifier sequences are placed together in a two-dimensional order of several tens of thousands of units, and it's responsible for simultaneously identifying the differential expression pattern of several thousand special sequences or coding regions. Prior knowledge of the microarray architecture and backstage details used for this technique has a direct impact on raw data analysis. Data pre-processing methods and their normalization, using the principal component analysis method, Heatmap drawing, clustering, and data correlation test dendrogram drawing, and the advanced TSN method are among the leading methods. Also, the challenge of comparing multiple averages, the existence of type one error, and the concept of fold change are also briefly discussed. In the present study, it has tried to discuss the theoretical foundations, raw data structure, statistical analysis, and interpretation of the results of microarray technology and to be able to independently analyze the path of data to interpretation as well as overcome the existing challenges with the information that is given.}, keywords = {Data preprocessing,Data normalization,Microarray,statistical analysis,Transcriptome}, title_fa = {مروری نوین بر فناوری ریزآرایه: مبانی تئوریک، ساختار داده خام، تحلیل‌های آماری و تفسیر نتایج}, abstract_fa = {دستیابی به فناوری‌هایی که بتواند رفتارهای ژن‌ها در سطح رونوشت سلولی و اثر متقابل بین آن‌ها را به تصویر بکشد، مطلوبیت ویژه‌ای دارد. در همین راستا، فناوری ریزآرایه، بر مبنای کشفیات سابق واکنش پلی مراز کمی سازی شده (qPCR) و فناوری هیبریداسیون ساترن بلاتینگ می‌باشد که از همان قوانین امّا، در مقیاس بزرگ‌تر برای اندازه‌گیری میزان بیان چندین هزار ژن استفاده می‌کند. پیش آگاهی از جزئیات، معماری ریزآرایه و پشت صحنه مورد استفاده برای این تکنیک بر روی تجزیه و تحلیل داده‌های خام تأثیر مستقیم دارد. روش‌های پیش‌پردازش داده‌ها و آزمون‌های نرمال‌سازی آن‌ها، استفاده از روش تجزیه مؤلفه‌های اصلی، رسم نمودار حرارتی، خوشه بندی و رسم دندروگرام تست همبستگی داده و روش پیشرفته TSN از جمله روش‌های پیشرو هستند. همچنین، چالش مقایسه میانگین چندگانه، وجود خطای نوع یک و مفهوم شاخص چند برابر شدن( Fold change ) نیز به طور اجمالی مورد بحث قرار می‌گیرد. در مطالعۀ مروری حاضر، سعی شده است که مبانی تئوریک، ساختار داده‌های خام، تحلیل‌های آماری و تفسیر نتایج فناوری ریزآرایه مورد بحث قرار گیرد و به طور مستقل قادر باشد مسیر داده تا تفسیر و همچنین چالش‌های موجود را با اطلاعاتی که داده می‌شود به خوبی پشت سر قرار دهد.}, keywords_fa = {پیش پردازش داده‌ها,تحلیل آماری,ترانسکریپتوم,ریزآرایه و نرمال‌سازی داده‌ها}, url = {https://bilj.asnrukh.ac.ir/article_161067.html}, eprint = {https://bilj.asnrukh.ac.ir/article_161067_7a87cdb7e567cfb616d4fca2a4d951f6.pdf} }