آنالیز بیوانفورماتیکی و شناسایی پلی مورفیسم های جدید نوکلئوتیدی اگزون شماره ی 2 ژن Ovar MHC-DRB1 در گوسفندان نژاد بومی قزل
نوع مقاله : مقاله پژوهشی
چکیده
هدف از این مطالعه شناسایی پلی مورفیسم های جدید نوکلئوتیدی در اگزون شماره ی 2 ژن MHC-DRB1 است که با ایجاد مقاومت ژنتیکی نسبت به نماتدهای دستگاه گوارشی در گوسفندان نژاد بومی قزل ایرانی در ارتباط است. در این تحقیق از 100 برهی نر 4 تا 6 ماهه نژاد بومی قزل استفاده شده بود که بطورتصادفی از میان 5 گله مردمی در سطح استان آذربایجان شرقی انتخاب شده بودند و با استفاده از تکنیک PCR-RFLP پلی مورفیسم های نوکلئوتیدی مقدماتی و ارتباط آن ها با تعداد تخم انگل شمارش شده در مدفوع، بررسی شد. متعاقباً، 4 نمونه محصول PCR از بره های هر گله (یک نمونه از هرگله) به طور تصادفی انتخاب و توالی یابی شدند. نتایج حاصل از توالی یابی با سایر توالی های نوکلئوتیدی ثبت شده در بانک ژنNCBI برای نژادهای مختلف از سراسر جهان، مقایسه شدند. در نتایج حاصل از بررسی هم ردیفی ها، 9 پلی مورفیسم جدید (2جهش حذفی، 5 جهش جایگزینی و 2جهش اضافه شدن نوکلئوتید) درتوالی های اگزون شماره ی 2 ژن MHC-DRB1 در نژاد قزل شناسایی شد. وجود این پلی مورفیسم های نوکلئوتیدی جدید باعث تغییر توالی های آمینواسیدی شده و در نتیجه منجر به ایجاد تغییرات در ساختار شکاف اتصال پپتیدهای بیگانه در پروتئین هترودایمریک DR موجود در غشاء سلول های ارائه کننده ی آنتی ژن ها می شود بطورکلی احتمالاً وجود پلی مورفیسم های جدید در اگزون شماره ی2 این ژن باعث تغییر ساختار پروتئین مربوط به آن شده و این موضوع نیز باعث افزایش اعتبار ارتباط بین پلی مورفیسم شناسایی شده و صفت مورد بررسی می شود.