آنالیز بیوانفورماتیکی و شناسایی پلی‌مورفیسم‌های جدید در اگزون شماره‌ی 2 ژن Ovar MHC-DRB1 در گوسفندان نژاد قزل

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانش آموخته کارشناسی ارشد، ژنتیک و اصلاح نژاد دام، دانشگاه تبریز، دانشکده کشاورزی، گروه علوم دامی

2 دانشیار ژنتیک و اصلاح نژاد دام، دانشگاه تبریز، دانشکده کشاورزی، گروه علوم دامی

3 استادیار ژنتیک و اصلاح نژاد دام، دانشگاه تبریز، دانشکده کشاورزی، گروه علوم دامی

4 دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی تبریز، گروه بیوتکنولوژی

چکیده

هدف از این مطالعه شناسایی پلی­مورفیسم­های جدید در اگزون شماره­ی 2 ژن MHC-DRB1 است که با ایجاد مقاومت ژنتیکی نسبت به نماتد­های دستگاه گوارشی در گوسفندان نژاد قزل ایرانی در ارتباط است. در این تحقیق از 100 بره­ی نر 4 تا 6 ماهه نژاد قزل استفاده شده بود که بطور­تصادفی از میان 5 گله مردمی در سطح استان آذربایجان شرقی انتخاب شده بودند و با استفاده از تکنیک PCR-RFLP پلی­مورفیسم­های مقدماتی و ارتباط آنها با تعداد تخم­انگل شمارش شده در مدفوع، بررسی شده و در تحقیق حاظر نیز 4 نمونه محصول PCR از بره­های هر گله (یک نمونه از هرگله) بطور­تصادفی انتخاب و توالی­یابی شدند. نتایج حاصل از توالی­یابی با سایر توالی­های نوکلئوتیدی ثبت شده در سایتNCBI  برای نژادهای مختلف از سراسر جهان، مقایسه شدند. در نتایج حاصل از بررسی همردیفی­ها، 9 پلی­مورفیسم جدید (2­جهش حذفی، 5­ جهش جایگزینی و 2­جهش اضافه شدن نوکلئوتید) درتوالی­های اگزون شماره­ی 2 ژن MHC-DRB1 در نژاد قزل شناسایی شد. وجود این پلی­مورفیسم­های جدید باعث تغییر توالی­های آمینو­اسیدی شده و در نتیجه منجر به ایجاد تغییرات در ساختار شکاف اتصال پپتیدهای بیگانه در پروتئین هترودایمریک DR موجود در غشاء سلول­های ارائه کننده­ی آنتی­ژن­ها می­شود بطور­کلی احتمالاً وجود پلی­مورفیسم­های جدید در اگزون شماره­ی­2 این ژن باعث تغییر ساختار پروتئین مربوط به آن شده و این موضوع نیز باعث افزایش اعتبار ارتباط بین پلی­مورفیسم شناسایی شده و صفت مورد بررسی می­شود.

کلیدواژه‌ها